立式安装中空纤维超滤膜组件多采取下进水、上产水、上出浓水的运行方式。除此之外还有下进水、下产水、上出浓水；上进水、下产水、下出浓水和上进水、上产水、下出浓水等运行方式。超滤系统运行方式需要考虑的一个问题是运行过程中如何排空组件及管道中的空气，当不能有效排除空气时，不仅组件及管道的效率将会降低，还会因空气的可压缩性质在系统启停时产生水锤现象，以致严重损伤膜组件。
排空中空纤维超滤膜组件中空气的最有效方法是采用下进水运行方式，中空纤维超滤膜组件中的空气将随着进水从下部向上推至中空纤维超滤膜组件顶部的浓水管及净水管中进而排出系统。而当采用上进水运行方式时，由于水的密度高于气体，将有相当部分的气体保持在组件空腔之内难于排除，或降低了组件的工作效率，或在系统运行调试过程时的净水或浓水径流中长时间夹带气泡，很难使系统进入稳定状态。
多数MBR膜系统采用上产水模式的原因，一是便于膜组件净水区空气排出，二是便于组件首末端产水通量均衡。
